1.序列输入可以单字母输入，比如序列：Ala-Cys-Asp-Glu-Phe-Gly，也可以输入ACDEFG。对于特殊氨基酸，可使用其缩写，但需要用-进行间隔，比如序列：Ala-Cys-Asp-Glu-Phe-Gly-Ser(PO3H)，也可以输入ACDEFG-pS。对于D型氨基酸，比如D型Ala，可以输入DAla。
2.关于特殊氨基酸的标示方法，点击此处
3.对于酰胺键成环序列，可以在成环处加入Cyclo。比如序列Glu-Cys-Asp-Glu-Phe-Lys首尾成环，可以输入Cyclo(Glu-Cys-Asp-Glu-Phe-Lys)或Cyclo(ECDEFK)，并在下面选择“主链成环”。
4.对于硫醚键，比如卡贝缩宫素：Butyryl-Tyr(Me)-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly-NH2 (Sulfide bond between Butyryl-4-yl and Cys),可以输入Cyclo(Butyryl-Tyr(Me)-Ile-Gln-Asn-Cys)-Pro-Leu-Gly-NH2，或输入Cyclo(Butyryl-Tyr(Me)-IQNC)PLG-NH2并在下面选择“硫醚成环”。
5.为了更好的判断序列，建议特殊序列采用三字母序列进行输入。
6.对于输出的溶解性：溶解性1：可以指导你进行溶解性实验；溶解性2：只判断是否可溶于水，由于采用更严格的判断条件，部分水溶性样品的判断结果是“水溶性不确定”。
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