1.本软件仅用于线性肽和普通修饰序列杂质分析。
2.使用时，需要输入多肽序列、固相树脂载体类型、合成方法、是否醋酸酐封端等信息。
3.如果采用封端操作，需要输入连接哪个氨基酸时采用的封端操作。比如序列 Ala¹-Cys²-Asp³-Glu⁴-Phe⁵-Gly⁶-His⁷-Ile⁸-Lys⁹-Leu¹⁰-Met¹¹-Asn¹², 连接Asp时进行了封端，需要输入3。如果有多个位置，用 ，隔开。
4.对于含有侧链的序列，默认先连接完主链再连接侧链，且对侧链不进行封端杂质分析。
5.再输入目标杂质的平均分子量（可输入多个分子量），并选择用于检测MS的仪器是高分辨率质谱还是低分辨率质谱，软件自动分析杂质形成原因。
6.选择高分辨率质谱，软件计算的MS误差范围更小，结果更加精确。
7.对于分析出的杂质，研发人员需要再次确认杂质形成的可能性。
8.如果软件计算出有多种形成杂质的原因，需要研发人员根据实际情况进行再次判断。

本软件分析的杂质类型
1.氨基酸缺失杂质或重复连接杂质。
2.乙酸酐封端杂质。
3.常规氨基酸使用错误造成的杂质。
4.副反应引起的杂质。